オンコマイン Dx Target Test マルチ CDxシステム
小規模遺伝子パネルでコンパニオン診断のみでの使用となっているオンコマインですが、以下のような46遺伝子が希望すれば見れるようです。ただし現時点ではプロファイリング検査としては使えないため、コンパニオン部分である肺癌対象であるEGFR, ALK, ROS1, BRAF以外の結果をもとに薬剤は使えません。結果を見ることができるのも医師まで、患者には返されないようです。
コンパニオン診断のEGFRも以前は、Common mutationしか結果が返ってこないため問題視されていましたが、2019年7月12日付のプレスリリースをみると今は結果が返ってくるようです。
オンコマイン Dx Target Test マルチ CDx システムのまれなEGFR遺伝子変異(
| 遺伝子変異 | 遺伝子融合 | |
| ABL1 | 〇 | |
| AKT1 | 〇 | |
| ALK | 〇 | 〇 |
| AR | 〇 | |
| AXL | 〇 | |
| BRAF | 〇 | 〇 |
| CDK4 | 〇 | |
| CTNNB1 | 〇 | |
| DDR2 | 〇 | |
| EGFR | 〇 | |
| ERBB2 | 〇 | 〇 |
| ERBB3 | 〇 | |
| ERBB4 | 〇 | |
| ERG | 〇 | |
| ESR1 | 〇 | |
| ETV1 | 〇 | |
| ETV4 | 〇 | |
| ETV5 | 〇 | |
| FGFR1 | 〇 | |
| FGFR2 | 〇 | 〇 |
| FGFR3 | 〇 | 〇 |
| GNA11 | 〇 | |
| GNAQ | 〇 | |
| HRAS | 〇 | |
| IDH1 | 〇 | |
| IDH2 | 〇 | |
| JAK1 | 〇 | |
| JAK2 | 〇 | |
| JAK3 | 〇 | |
| KIT | 〇 | |
| MAR2K1 | 〇 | |
| MAR2K2 | 〇 | |
| MET | 〇 | 〇 |
| MTOR | 〇 | |
| NRAS | 〇 | |
| NTRK1 | 〇 | |
| NTRK2 | 〇 | |
| NTRK3 | 〇 | |
| PDGFRA | 〇 | 〇 |
| PIK3CA | 〇 | |
| PPARG | 〇 | |
| RAF1 | 〇 | 〇 |
| RET | 〇 | 〇 |
| ROS1 | 〇 | 〇 |
| SMO | 〇 |
FoudationONEとNCCオンコパネルの検査対象遺伝子
日本でプロファイリング検査として承認されている
FoundationOne CDx
および
OncoGuide™ NCCオンコパネルシステム
で検査できる遺伝子をまとめました。
FoundationONEはこれらに加え、TMBおよびMSIが調べられます。
| FoundationOne CDx |
OncoGuide™ NCCオンコパネルシステム |
||
| 塩基置換、挿入/欠失、及びコピー数異常（全エクソン） | 遺伝子融合 | 遺伝子変異、増幅 | 遺伝子融合 |
| ABL1 | ALK イントロン18,19 | ABL1 | AKT2 |
| ACVR1B | BCL2 3’UTR | ACTN4 | ALK |
| AKT1 | BCR イントロン8,13,14 | AKT1 | BRAF |
| AKT2 | BRAF イントロン7-10 | AKT2 | ERBB4 |
| AKT3 | BRCA1 イントロン2,7,8,12,16,19,20 | AKT3 | FGFR2 |
| ALK | BRCA2 イントロン2 | ALK | FGFR3 |
| ALOX12B | CD74 イントロン6-8 | APC | NRG1 |
| AMER1 | EGFR イントロン7,15,24-27 | ARAF | NTRK1 |
| APC | ETV4 イントロン8 | ARID1A | NTRK2 |
| AR | ETV5 イントロン6,7 | ARID2 | PDGFRA |
| ARAF | ETV6 イントロン5,6 | ATM | RET |
| ARFRP1 | EWSR1 イントロン7-13 | AXIN1 | ROS1 |
| ARID1A | EZR イントロン9-11 | AXL | |
| ASXL1 | FGFR1 イントロン1,5,17 | BAP1 | |
| ATM | FGFR2 イントロン1,17 | BARD1 | |
| ATR | FGFR3 イントロン17 | BCL2L11/BIM | |
| ATRX | KIT イントロン16 | BRAF | |
| AURKA | KMT2A(MLL) イントロン6-11 | BRCA1 | |
| AURKB | MSH2 イントロン5 | BRCA2 | |
| AXIN1 | MYB イントロン14 | CCND1 | |
| AXL | MYC イントロン1 | CD274/PD-L1 | |
| BAP1 | NOTCH2 イントロン26 | CDK4 | |
| BARD1 | NTRK1 イントロン8-11 | CDKN2A | |
| BCL2 | NTRK2 イントロン12 | CHEK2 | |
| BCL2L1 | NUTM1 イントロン1 | CREBBP | |
| BCL2L2 | PDGFRA イントロン7,9,11 | CRKL | |
| BCL6 | RAF1 イントロン4-8 | CTNNB1/b-catenin | |
| BCOR | RARA イントロン2 | CUL3 | |
| BCORL1 | RET イントロン7-11 | DDR2 | |
| BRAF | ROS1 イントロン31-35 | EGFR | |
| BRCA1 | RSPO2 イントロン1 | ENO1 | |
| BRCA2 | SDC4 イントロン2 | EP300 | |
| BRD4 | SLC34A2 イントロン4 | ERBB2/HER2 | |
| BRIP1 | TERC ノンコーディングRNA | ERBB3 | |
| BTG1 | TERT プロモーター | ERBB4 | |
| BTG2 | TMPRSS2 イントロン1-3 | ESR1/ER | |
| BTK | EZH2 | ||
| C11orf30 | FBXW7 | ||
| CALR | FGFR1 | ||
| CARD11 | FGFR2 | ||
| CASP8 | FGFR3 | ||
| CBFB | FGFR4 | ||
| CBL | FLT3 | ||
| CCND1 | GNA11 | ||
| CCND2 | GNAQ | ||
| CCND3 | GNAS | ||
| CCNE1 | HRAS | ||
| CD22 | IDH1 | ||
| CD274 | IDH2 | ||
| CD70 | IGF1R | ||
| CD79A | IGF2 | ||
| CD79B | IL7R | ||
| CDC73 | JAK1 | ||
| CDH1 | JAK2 | ||
| CDK12 | JAK3 | ||
| CDK4 | KDM6A/UTX | ||
| CDK6 | KEAP1 | ||
| CDK8 | KIT | ||
| CDKN1A | KRAS | ||
| CDKN1B | MAP2K1/MEK1 | ||
| CDKN2A | MAP2K2/MEK2 | ||
| CDKN2B | MAP2K4 | ||
| CDKN2C | MAP3K1 | ||
| CEBPA | MAP3K4 | ||
| CHEK1 | MDM2 | ||
| CHEK2 | MDM4 | ||
| CIC | MET | ||
| CREBBP | MLH1 | ||
| CRKL | MSH2 | ||
| CSF1R | MTOR | ||
| CSF3R | MYC | ||
| CTCF | MYCN | ||
| CTNNA1 | NF1 | ||
| CTNNB1 | NFE2L2/Nrf2 | ||
| CUL3 | NOTCH1 | ||
| CUL4A | NOTCH2 | ||
| CXCR4 | NOTCH3 | ||
| CYP17A1 | NRAS | ||
| DAXX | NRG1 | ||
| DDR1 | NT5C2 | ||
| DDR2 | NTRK1 | ||
| DIS3 | NTRK2 | ||
| DNMT3A | NTRK3 | ||
| DOT1L | PALB2 | ||
| EED | PBRM1 | ||
| EGFR | PDGFRA | ||
| EP300 | PDGFRB | ||
| EPHA3 | PIK3CA | ||
| EPHB1 | PIK3R1 | ||
| EPHB4 | PIK3R2 | ||
| ERBB2 | POLD1 | ||
| ERBB3 | POLE | ||
| ERBB4 | PRKCI | ||
| ERCC4 | PTCH1 | ||
| ERG | PTEN | ||
| ERRFI1 | RAC1 | ||
| ESR1 | RAC2 | ||
| EZH2 | RAD51C | ||
| FAM46C | RAF1/CRAF | ||
| FANCA | RB1 | ||
| FANCC | RET | ||
| FANCG | RHOA | ||
| FANCL | ROS1 | ||
| FAS | SETBP1 | ||
| FBXW7 | SETD2 | ||
| FGF10 | SMAD4 | ||
| FGF12 | SMARCA4/BRG1 | ||
| FGF14 | SMARCB1 | ||
| FGF19 | SMO | ||
| FGF23 | STAT3 | ||
| FGF3 | STK11/LKB1 | ||
| FGF4 | TP53 | ||
| FGF6 | TSC1 | ||
| FGFR1 | VHL | ||
| FGFR2 | |||
| FGFR3 | |||
| FGFR4 | |||
| FH | |||
| FLCN | |||
| FLT1 | |||
| FLT3 | |||
| FOXL2 | |||
| FUBP1 | |||
| GABRA6 | |||
| GATA3 | |||
| GATA4 | |||
| GATA6 | |||
| GID4(C17orf39) | |||
| GNA11 | |||
| GNA13 | |||
| GNAQ | |||
| GNAS | |||
| GRM3 | |||
| GSK3B | |||
| H3F3A | |||
| HDAC1 | |||
| HGF | |||
| HNF1A | |||
| HRAS | |||
| HSD3B1 | |||
| ID3 | |||
| IDH1 | |||
| IDH2 | |||
| IGF1R | |||
| IKBKE | |||
| IKZF1 | |||
| INPP4B | |||
| IRF2 | |||
| IRF4 | |||
| IRS2 | |||
| JAK1 | |||
| JAK2 | |||
| JAK3 | |||
| JUN | |||
| KDM5A | |||
| KDM5C | |||
| KDM6A | |||
| KDR | |||
| KEAP1 | |||
| KEL | |||
| KIT | |||
| KLHL6 | |||
| KMT2A(MLL) | |||
| KMT2D(MLL2) | |||
| KRAS | |||
| LTK | |||
| LYN | |||
| MAF | |||
| MAP2K1 | |||
| MAP2K2 | |||
| MAP2K4 | |||
| MAP3K1 | |||
| MAP3K13 | |||
| MAPK1 | |||
| MCL1 | |||
| MDM2 | |||
| MDM4 | |||
| MED12 | |||
| MEF2B | |||
| MEN1 | |||
| MERTK | |||
| MET | |||
| MITF | |||
| MKNK1 | |||
| MLH1 | |||
| MPL | |||
| MRE11A | |||
| MSH2 | |||
| MSH3 | |||
| MSH6 | |||
| MST1R | |||
| MTAP | |||
| MTOR | |||
| MUTYH | |||
| MYC | |||
| MYCL | |||
| MYCN | |||
| MYD88 | |||
| NBN | |||
| NF1 | |||
| NF2 | |||
| NFE2L2 | |||
| NFKBIA | |||
| NKX2-1 | |||
| NOTCH1 | |||
| NOTCH2 | |||
| NOTCH3 | |||
| NPM1 | |||
| NRAS | |||
| NT5C2 | |||
| NTRK1 | |||
| NTRK2 | |||
| NTRK3 | |||
| P2RY8 | |||
| PALB2 | |||
| PARK2 | |||
| PARP1 | |||
| PARP2 | |||
| PARP3 | |||
| PAX5 | |||
| PBRM1 | |||
| PDCD1 | |||
| PDCD1L | |||
| G2 | |||
| PDGFRA | |||
| PDGFRB | |||
| PDK1 | |||
| PIK3C2B | |||
| PIK3C2G | |||
| PIK3CA | |||
| PIK3CB | |||
| PIK3R1 | |||
| PIM1 | |||
| PMS2 | |||
| POLD1 | |||
| POLE | |||
| PPARG | |||
| PPP2R1A | |||
| PPP2R2A | |||
| PRDM1 | |||
| PRKAR1A | |||
| PRKCI | |||
| PTCH1 | |||
| PTEN | |||
| PTPN11 | |||
| PTPRO | |||
| QKI | |||
| RAC1 | |||
| RAD21 | |||
| RAD51 | |||
| RAD51B | |||
| RAD51C | |||
| RAD51D | |||
| RAD52 | |||
| RAD54L | |||
| RAF1 | |||
| RARA | |||
| RB1 | |||
| RBM10 | |||
| REL | |||
| RET | |||
| RICTOR | |||
| RNF43 | |||
| ROS1 | |||
| RPTOR | |||
| SDHA | |||
| SDHB | |||
| SDHC | |||
| SDHD | |||
| SETD2 | |||
| SF3B1 | |||
| SGK1 | |||
| SMAD2 | |||
| SMAD4 | |||
| SMARCA4 | |||
| SMARCB1 | |||
| SMO | |||
| SNCAIP | |||
| SOCS1 | |||
| SOX2 | |||
| SOX9 | |||
| SPEN | |||
| SPOP | |||
| SRC | |||
| STAG2 | |||
| STAT3 | |||
| STK11 | |||
| SUFU | |||
| SYK | |||
| TBX3 | |||
| TEK | |||
| TET2 | |||
| TGFBR2 | |||
| TIPARP | |||
| TNFAIP3 | |||
| TNFRSF14 | |||
| TP53 | |||
| TSC1 | |||
| TSC2 | |||
| TYRO3 | |||
| U2AF1 | |||
| VEGFA | |||
| VHL | |||
| WHSC1 | |||
| WHSC1L1 | |||
| WT1 | |||
| XPO1 | |||
| XRCC2 | |||
| ZNF217 | |||
| ZNF703 | |||
引用は、FoundationONEはhttps://chugai-pharm.jp/pr/npr/f1t/prd/gene/
NCCオンコパネルはhttp://www.info.pmda.go.jp/downfiles/md/PDF/480585/480585_23000BZX00398000_A_01_01.pdf
になります。
ちなみにCOIはありません。
ポスドクサラリーマンが美肌を目指す③ ～皮膚と脂質・ビタミン栄養～
前回は美肌のためにアミノ酸栄養のバランスが必要だと説明しました。
今回はアミノ酸以外の脂質、ビタミン、ミネラルについて美肌に必要な栄養を説明します。
脂質
食事中の脂質の量は、皮膚を構成するコラーゲン、ヒアルロン酸、セラミドの量に非常に大きな影響を与えています。
（それぞれの皮膚における役割は、ポスドクサラリーマンが美肌を目指す①をみてください。）
脂質摂取量が増加すると、皮膚TGF-β1という遺伝子の発現量が減少し、コラーゲンやヒアルロン酸量を減少させます。
一方、α-リノレン酸は必須脂肪酸であり、この欠乏は、成長阻害、皮膚の乾燥、発疹また炎症反応の障害を引き起こします。
結論としては、脂質は取りすぎず、α-リノレン酸は必ずとることが美肌に必要となります。
しかしα-リノレン酸は十分な科学的根拠がないため、推奨する摂取量は設定されていないようです。
ビタミン
⑴ビタミンA
ビタミンAの欠乏は、皮膚の乾燥、シワの増加を引き起こします。ビタミンAの1つであるレチノイン酸は、ニキビ治療、光老化の改善、すなわちシワを改善します。
また表皮において、ヒアルロン酸量の促進や、メラニン合成を阻害します。
細胞レベルで、ナイアシンは、セラミド合成を増加させ、肌の水分の蒸散を抑制し、表皮のバリア機能を改善させます。
⑶ビタミンC
ビタミンCの欠乏は、コラーゲン合成やプロテオグリカン合成を減少させます。よってビタミンC欠乏は、皮膚において創傷治癒の知見を招きます。
⑷ビタミンB12
ビタミンB12欠乏により、メラニン合成による皮膚のメラニン沈着が認めれれるようになります。
今回のまとめです。
脂肪の多い食事は避ける、しかしα‐リノレン酸は摂取！
次回は応用編です。
「ポスドクサラリーマンが美肌を目指す②、③」で紹介した美肌に必要な各種栄養素を含んだ食品を紹介したいと思います！！！
ポスドクサラリーマンが美肌を目指す② ～皮膚とアミノ酸栄養～
今回は、美肌にはどんな栄養がいるのか？といった疑問について、特に中心となるアミノ酸について書いていきます。
食事中のタンパク質の質は、皮膚を構成するコラーゲンやヒアルロン酸に非常に大きな影響を与えます。
皮膚コラーゲンの合成は、食事中のアミノ酸バランスに迅速にまた敏感に、影響を受けることがラットを使った実験でも明らかとなっています。
食事中のアミノ酸バランスが悪い、もしくはタンパク質が含まれていないと、翌日からコラーゲンのmRNA量が減少してしまいます。
つまり
バランスよくアミノ酸を摂取しないと、生体内でコラーゲンがすぐ作られなくなるのです。
ヒアルロン酸量も食事中のアミノ酸バランスに影響を受けやすいです。
ラットを用いた実験で、アミノ酸バランスの悪い食事では、タンパク質がない食事と同様に皮膚ヒアルロン酸量は減少したようです。
つまり
ヒアルロン酸もバランスのよいアミノ酸の摂取が必須ということです。
ではコラーゲンを直接摂取する場合はどうでしょうか？
昔からコラーゲンはよく売ってますね。「コラーゲン入りで肌にいい！」ってことをうたい文句にしている商品も良く見かけます。
コラーゲンを食べても、消化の過程でアミノ酸に分解されます。消化されず肌までコラーゲンのまま届くことはありません！！
ではコラーゲンが消化されたアミノ酸群のバランスはどうでしょうか？
コラーゲンのアミノ酸組成は、グリシンが33％、プロリンとその水酸化されたヒドロキシプロリンが22％を占めています。しかし必須アミノ酸であるトリプトファンは全く含まれていません。
よって
コラーゲンを摂取しても、アミノ酸バランスは悪く、皮膚コラーゲンは増えません！！！
また、成人が取るべき各アミノ酸量は下記のように報告されています。
通常ならここで、健康食品を紹介するところかもしれませんが、私はただのお小遣い3万円サラリーマンです。できれば日々の食事でなんとかしたい。そこで各食材におけるアミノ酸量に関しては、本シリーズの後半で調べていきたいと思います。
今回のまとめです。
美肌にはアミノ酸バランスの良い食事が必要！！！
ポスドクサラリーマンが美肌を目指す① ～皮膚の基礎～
まずは、変なタイトルですみません。
実は３０代後半となり、疲労の蓄積や、肌の老化などを感じるようになってきました。
２０代の頃は女子に１０代の肌ようだと言われたこともありましたが、最近は肌のハリの無さからか、顔から疲労と老化を着実に感じています。。
モテたいという願望はないですが、無駄に年を取りたいとも思わない。疲労も翌日に持ち越すことなく過ごしたいサラリーマンは多いのではないでしょうか。
ではどうすればいいのか・・・
運動する体力はあまりないし・・・
健康食品はどれも胡散臭いし・・・
うん？食品？？そういえば食事とか栄養とかちゃんと調べたことがない・・・
そうだ！栄養学を勉強して、科学的に妥当な栄養素を摂取すればいい！！むしろ何故今まで毎日口にする食品を科学的に気にしなかったのだ！！！
というわけで、私の大好きなジュンク堂池袋本店で目的に合致した本を探しに行きました。
上記の本が、まさしくこれぞ求めていた物！っといった題名で、早速購入しました。
まず皮膚の構造ですが、
外から表皮、基底膜、真皮の順に構成されています。真皮には。コラーゲン、ヒアルロン酸、エラスチンなどの細胞外マトリックスとよばれる物質で満たされています。
コラーゲンやエラスチンは、皮膚のはりやシワに関与し、ヒアルロン酸は瑞々しさに関与しています。以下に代表的なものについて記載します。
１）コラーゲン
コラーゲンは、半減期（全量のうち、半分が置き換わるために必要な時間）が非常に長いタンパク質で、なんと１５年以上といわれています。皮膚コラーゲン量は３０歳代までに徐々に増加し、その後減少します。
図を見る限り、それほど大きな減少に感じないですが、皮膚の見た目に対する影響は大きいのでしょうか。不勉強のため、現時点では不明です。
２）ヒアルロン酸
ヒアルロン酸は1gあたり６Lの水を保持することが可能で、生体内の水分の保持に役立っています。真皮、表皮ともに存在し、年齢などの原因によるヒアルロン酸の量の減少します。どの程度年齢によって減少するのかは、また今度調べてみます。
ヒアルロン酸は、半減期が半日というかなり早い速度で行われています。これは1日ごとの食生活による影響は大きい可能性は高そうです。
３）エラスチン
エラスチンは弾性繊維とよばれるもので、光によって異常に分解され、細かいシワを生じる原因となります。また老化とともにアミノ酸組成が変わるようです。
次回「ポスドクサラリーマンが美肌を目指す②」では、どのような栄養素をとれば皮膚の老化を軽減できるのかを書いてみたいと思います。
Plastic Chinaから世界を考える
録画してあった「プラスチック・チャイナ」という海外のドキュメンタリーを見た。
小さな子供たちが劣悪な環境で生活している姿は、同じ年齢の子供を持つ身として見ていて胃が痛くなる。
中国では、廃プラスチックが有価物なので、欧州、米国、アジアの国々で発生したプラスチック廃棄物は中国に輸入され、各地にある処理場でリサイクル処理されていたそうだ。
2017年12月31日、中国は“洋垃圾（外国ゴミ）”の輸入を禁止した。これにより、この子たちが廃プラスチックに囲まれた生活はできなくなるだろう。
しかし、このことの本質は廃プラスチックや輸入ゴミではない。
結局、我々の社会は富める者がいる一方、貧する者がいるということだ。
経済の専門家でも何でもないが、資本主義とは結局全員が富むことはできないシステムだと思う。資本主義とは、電気が＋からーへ電子が流れることが重要であることと同様に、富と貧との間の格差のエネルギーで動いているシステムなのだ。
歴史から考えるに、これは資本主義というよりは、人間社会そのものが栄えてきた原理そのもののような気がする。
狩猟採集の時代から、農耕が始まり余剰分の食糧ができてから、その余剰分がどこかに偏ることで、食糧生産に携わらなくてもよい人ができ、その時点で平等性はすでに失われたのだろう。格差が小さいか大きいかだけの違いで、本質的な現代の貧富の差はそこが起源であると思う。
その格差の間でおきるエネルギーを用いて、人類は他の生物にない繁栄を築いたのだ。
とはいえ、だからしょうがいないのだと割り切れるほど出来た人間ではないので思い悩む。身の回りの人間の幸せを守るだけでも割と大変だが、それでも何か他にできやしないかと無い頭を使うのだ。
python環境構築①
pythonをPCで使う環境の構築は、私のようなプログラミング初心者にはどれがいいのかはよくわかりません。
「Python入門教室」、「ニューラルネットワーク自作入門」で別々の方法が載っていたのですが、簡単でかつ見やすい方を紹介します。
下記のリンク先にはいり、
https://www.anaconda.com/download/
Python 3.6 versionの自分のPCにあったinstallerを選んでください。ちなみに私のPCは64bitなので、そちらを選択しました。
後はサイトに指示に従って簡単にインストールができます。
使用するときはWindowsの場合、スタートメニューより [Anaconda3 (64-bit)]-[Jupyter Notebook]を選択すると、ブラウザの中でJupyterが起動します。
右上の方にあつNewというボタンからメニューを出して、Python3を選べば、白紙のNotebookが表示されます。
以上で終わりです。
